Un museo antico ma attuale e interattivo. È questo il Museo Diocesano che sorge sul colle di Agrigento, istituito nel1877 dal vescovo Domenico Turano, costituendo la prima raccolta museale nell' aula capitolare della Cattedrale. Il primo museo era costituito da due sale: la sala detta del Sarcofago con reperti classici, e la sala de Marinis, sepoltura dell’omonima famiglia, con testimonianze lapidee medievali e rinascimentali.
Oggi i quattro sarcofagi sono custoditi nella nuova sala Mudia della Cattedrale, e costituiscono, come per i viaggiatori del Grand Tour di fine Settecento, un grande attrattore culturale, che permette di esclamare, come Johann Wolfgang von Goethe, davanti al sarcofago di Ippolito e Fedra «di non avere mai veduto nulla di più ammirevole in fatto di altorilievi».
Nei primi anni del secolo scorso, con il ritrovamento degli affreschi medievali della Cattedrale, si cominciò ad avvertire l’esigenza di creare una struttura museale più ampia che accogliesse il ricco e variegato patrimonio artistico. Il progetto moderno del Museo Diocesano nasce nel 1964 su progetto dell’architetto Franco Minissi. Il percorso museale prevedeva oltre ai sarcofagi, gli affreschi medievali, suppellettili e paramenti della Cattedrale. Il museo ebbe vita breve, e nel 1966, a causa della frana, fu chiuso. Per ragioni di tutela, sia i sarcofagi classici, che le opere d’arte sacra, furono trasferiti temporaneamente nel nuovo Museo Archeologico Nazionale nella Valle dei Templi.
Nel 2008 il Museo è riallestito in Cattedrale, ma nel 2011, a causa di nuovi dissesti sul colle, sarà definitivamente trasferito nelle sale del Palazzo Arcivescovile.
Il Museo Diocesano oggi si presenta come museo diffuso sull’asse di via Duomo includendo: le Collezioni del Palazzo Arcivescovile e le sale Mudia in Cattedrale costituite dalla torre dei Montaperto, la torretta dell’orologio, l’ex aula capitolare e la sala dei Sarcofagi. È inclusa la valorizzazione della Chiesa di Santa Maria dei Greci, edificata su un tempio greco, visibile attraverso una pavimentazione trasparente, e l’antiquarium che custodisce i reperti archeologici ritrovati durante gli scavi.