Teologo del Card. Borghese e poi di Paolo V. Divenuto vescovo di Agrigento convocò il sinodo diocesano. Al seguito dei danni che la Cattedrale subì negli anni precedenti, sostenne economicamente i lavori di restauro necessari. Nel 1584 ha provveduto al restauro del il Palazzo vescovile dalle rovine causate dal terremoto, facendo costruire una cappella di palazzo. Il 23 aprile del 1610 tenne il sinodo diocesano nella Cattedrale, stampato in Palermo nel 1610 sotto il titolo: “Constitutiones Diocesanae Synodi Vincentii Bonincontro Episcopi Agrigentini”. Ha fondato il monastero di san Vincenzo per le suore domenicane e ha curato l’insegnamento della dottrina cristiana in tutta la diocesi.
Ha favorito lo sviluppo del Seminario e la nascita della nuova sede, quella attuale. Da una pergamena medievale dell’Archivio Capitolare della Cattedrale, completa del suo sigillo, attingiamo la notizia che il vescovo di Agrigento Bertoldo concesse a Manfredi Chiaramonte un tenimento di case, in parte a pian terreno e in parte con un primo piano in Agrigento, appartenuto una volta al Capitolo della Chiesa di Agrigento. Queste case furono poi risistemate dai Chiaramonte che ne fecero un grande palazzo signorile. Sulla porta dello Steri, dopo gli ultimi restauri si vedono tracce di un’invocazione a Cristo Agnello di Dio: AGNU[S] DEI QU[I T]OLLI[S + PE]CCATA MUN[DI MI]SERERE NO[BIS],dove al centro, probabilmente vi era la raffigurazione del mistico Agnello, la cui rappresentazione diventerà, nei secoli successivi, fino ad oggi, lo stemma del capitolo della cattedrale.
Il vescovo Bonincontro sui ruderi dello Steri, ricevuto da Blasco Isfar et Corilles con l’atto di donazione stipulato a Siculiana il 20 luglio 1610 dal notaio agrigentino Rodolfo Sclafani, edifica la sede del Seminario, come si legge nella lapide posta sul portone di ingresso del seminario: “Il Signor frà Vincenzo Bonincontro, dell’ordine dei Predicatori, vescovo di Agrigento, della famiglia pontificia di Paolo V, (formato) dalle scienze teologiche e consigliere regio, fondò, eresse, aumentò, perfezionò e dotò questo seminario. 3 marzo 1611”. Il seminario di Agrigento ha una storia ancora più antica.
Una permuta del 3 agosto 1577 attesta la prima istituzione del Seminario per volontà del vescovo Cesare Marullo, nella casa canonicale della chiesa di santa Maria dei Greci.